Selon Dominique Giniaux, « l’ostéopathie n’est pas un ensemble de techniques de manipulations, c’est une approche particulière de ce qu’est l’équilibre d’un organisme vivant et de sa pathologie ». Cette approche se fonde sur quatre principes, dont trois fondamentaux et un sujet à de nombreuses controverses. Ces principes sont les suivants : 

L’ostéopathie considère le corps comme une unité dont toutes les structures sont mises en continuité par l’intermédiaire des fascias. Toute altération d’une partie du corps provoque des modifications voir des lésions à distance. L’ostéopathe est tenu de respecter cet ensemble indivisible et d’en assurer son homéostasie.

Cette unité de corps concerne également la dimension psychique. On dit souvent que le corps est le miroir de l’âme. Or,  l’ostéopathie, la médecine chinoise et la morphopsychologie s’accordent à dire les différentes émotions ressenties laissent des empruntes sur la posture, provoquent des troubles fonctionnels pouvant aller jusqu'à la maladie. Bien qu’on ne puisse pas accorder exactement des sentiments humains aux animaux, cette notion se retrouve également chez eux.

Selon Still, la « structure gouverne la fonction », elles sont indissociables. Si la structure se retrouve en lésion, la perte de mobilité provoque une restriction sur la fonction. Par exemple, dans le cas de l’éparvin, l’altération de la structure osseuse des os du tarse entrave l’amortissement (fonction) liée à la biomécanique du jarret.

La liberté de mouvement de tous les fluides (sang, lymphe) dans le corps est primordiale dans la santé du cheval. En effet, le mouvement est à la base de la vie. La circulation sanguine est essentielle au corps, car elle apporte les nutriments, l’oxygène et draine les déchets de l’organisme. Si elle est entravée par une restriction de mobilité ou une lésion, il s’en suit un affaiblissement des structures, provoquant une perte de fonction et donc la maladie.  Cette règle fondamentale est en étroite relation avec la règle de l’interdépendance entre la structure et la fonction.

Ce principe n’est pas partagé par tous les ostéopathes, mais il a été défendu par Still, fondateur de la méthode. Selon lui, le corps aurait à sa disposition tous les liquides et les mécanismes nécessaires à sa propre autorégulation et à sa propre auto guérison. Dans des conditions normales (absence de lésion ou de restriction de mobilité), le corps se suffirait à lui-même pour lutter contre les agressions extérieures. La lésion apparaît donc quand la capacité propre d’adaptation et d’autorégulation est dépassée.